#!/bin/bash -ve

if [ -e top100k.Left.fq.gz ] && ! [ -e top100k.Left.fq ]
then
	gunzip -c top100k.Left.fq.gz > top100k.Left.fq
fi

if [ -e top100k.Right.fq.gz ] && ! [ -e top100k.Right.fq ]
then
	gunzip -c top100k.Right.fq.gz > top100k.Right.fq
fi



if [ -e top100k.genome.gz ] && ! [ -e top100k.genome ]
then
	gunzip -c top100k.genome.gz > top100k.genome
fi



$TRINITY_HOME/Trinity --genome_guided_max_intron 1000 --genome_guided_bam SP2.chr.bam --max_memory 2G  --output test_GG_use_bam_trinity_outdir
